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1368年明朝建立后，元顺帝退守蒙古高原。呼伦贝尔大兴安岭东麓为蒙古阿鲁科尔沁部牧地，岭西直至尼布楚的广阔草原为蒙古四子、乌拉特和茂明安部游牧地。 

明朝，呼伦贝尔地区由努尔干都指挥使司下设的一些卫、所管辖。
清朝，1734年建立海拉尔城，隶属五大将军属地——黑龙江将军。
1932年，伪满政府建立后，呼伦贝尔成为省级单位，为"兴安省"，省会设在海拉尔。
1945年8月日本投降，10月岭西地区建立呼伦贝尔自治省政府。
1946年10月改称呼伦贝尔自治政府。
1945年10月在岭东地区建立纳文慕仁省。
1946年6月改称纳文慕仁盟，受中共领导的兴安省政府领导。
1947年5月归属内蒙古自治政府领导。
1948年1月1日改称呼伦贝尔盟，归属内蒙古自治区政府。
1949年4月，呼伦贝尔盟和纳文慕仁盟合并，称呼伦贝尔纳文慕仁盟，简称呼纳盟。
1953年4月1日，成立内蒙古自治区东部行政公署 ，简称东部行署 ，署址设在乌兰浩特。同时撤销原哲里木、兴安、呼纳三个盟的建制，其中原呼纳盟的海拉尔、满洲里、乌兰浩特变为内蒙古自治区的直辖市，其工作委托东部行署代管。
1954年4月30日，撤销东部区行政公署 ，将原兴安盟和呼纳盟所辖地区合并，改称呼伦贝尔盟，成立呼伦贝尔盟人民政府，作为地方一级政权，直属内蒙古自治区领导。盟政府设在海拉尔市。
1957年2月21日，呼伦贝尔盟人民政府改称呼伦贝尔盟人民委员会。
1958年6月1日，撤销呼伦贝尔盟人民委员会，改为内蒙古自治区的派出机构，设行政公署设在海拉尔市，改称呼伦贝尔盟行政公署。
1967年12月20日，筹建呼伦贝尔盟革命委员会，设为临时权力机构，行使原呼盟行政公署职权。
1969年8月1日，呼盟大部分地域划归黑龙江省管辖，一部分（原兴安盟的大部分）划归吉林省管辖。
1979年7月，恢复1969年前的行政区划，呼伦贝尔盟重新划归内蒙古自治区管辖。
1980年7月，恢复兴安盟建制，呼盟恢复1954年4月前的区划。
2001年10月10日，国务院批准撤销呼伦贝尔盟设立地级呼伦贝尔市；撤销海拉尔市设立海拉尔区。呼伦贝尔市辖原呼伦贝尔盟的阿荣旗、莫力达瓦达斡尔族自治旗、鄂伦春自治族、鄂温克族自治旗、陈巴尔虎旗、新巴尔虎左旗、新巴尔虎右旗和新设立的海拉尔区；代自治区人民政府管辖满洲里市、牙克石市、扎兰屯市、额尔古纳市和根河市。